かつて植物性脂肪から作られるマーガリンは、動物性脂肪であるバターよりも健康によいというような印象が持たれていた。しかし近年では逆に、マーガリンに含まれるトランス脂肪酸が健康被害を与える可能性が指摘されている。トランス脂肪酸は心臓疾患や現代病の一因である可能性が指摘されており、米国ではすでに食品中に含まれるトランス脂肪酸の量を表示することが義務付けられたり、食品中に含まれる量の規制が行われるなどしている。

WHO/FAOの2003年のレポートで、トランス脂肪酸は心臓疾患のリスク増加との強い関連が報告され、また摂取量は全カロリーの1%未満にするよう勧告されている[5]。トランス脂肪酸の摂取量の増加に伴って認知機能が低下していることも観察されている[6]。こうした科学的な研究報告の結果、トランス脂肪酸の削減の政策を行っている国がある。

水素添加によって作られる通常のマーガリンはトランス脂肪酸を7%前後、ファットスプレッドは5%前後含む[7]。過度なトランス脂肪酸批判のためメーカーが使用を低減させたことにより、逆に飽和脂肪酸の使用量が増加しており、飽和脂肪酸での健康被害（肥満、動脈硬化など）が危惧されるという主張もある[8]。2011年10月1日にデンマークでは、肥満の原因となる飽和脂肪酸の多い食品への課税を世界で始めて導入している。飽和脂肪酸も心臓疾患との関連からWHO/FAOはトランス脂肪酸の10倍の許容量である10%を上限とし、どちらも低減を目標とすることが示されている脂肪酸である[5]。たとえば、子供の健康を考えた加工食品の指針をアメリカ政府関連機関が合同で提案したとき、以下のような基準が示された。

2011年4月28日、食品医薬品局（FDA）、疾病対策センター（CDC）、アメリカ農務省（USDA）、連邦取引委員会（FTC）の4機関は、肥満増加の対策として子供に販売する飲食品の指針として、加工食品1食品あたりの上限を、飽和脂肪酸1グラム、トランス脂肪酸を0グラム、砂糖を13グラム、ナトリウム を210mgとした[9]。